NGS(RNA-Seq)

소량의 cell 또는 ultra-low pg range의 RNA을 이용하여 mRNA expression을 profiling 분석을 원하실 경우, direct RNA Amplification 기술과 one-step 3’ RNA-Seq library 제작 기술이 접목된 LUTHOR를 이용하여 NGS 기술을 통해 고품질의 데이터를 제공해 드립니다

Sample requirement	1~100 cell++, ~100pg total RNA
Library method	LUTHOR 3’ mRNA-Seq Library Prep Kit
NGS run format	NextSeq 500/550, SE 75bp
Data yield	>10M read/sample
Turnaround time	~3 weeks after RNA QC
Sample type	Cell, Sorted cell, Blood(PBMC), Embryo stem cell, etc.

++ 제공해 드리는 lysis buffer에 담아서 -80℃로 준비

ExDEGA Report(mRNA expression), GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.

Genome Sequencing이 완료된 생물종을 대상으로 RNA를 분리하여 NGS 기술을 통해 전사체(transcriptome) 분석을 수행해 드립니다. mRNA expression profiling 분석 이외에도 lncRNA, isoform, INDEL, Alternative Splicing Event, Gene fusion 등 다양한 분석을 지원합니다.

	total RNA-Seq	mRNA-Seq
Sample requirement	>2ug total RNA	>2ug total RNA
Library method	RiboCop rRNA Depletion + NEBNext Ultra Ⅱ Directional RNA kit	Poly(A) RNA Selection + NEBNext Ultra Ⅱ Directional RNA kit
NGS run format	HiSeq or NovaSeq, PE100	HiSeq or NovaSeq, PE100
Data yield	>6Gb/sample	>4Gb/sample
Turnaround time	~4 weeks after RNA QC	~4 weeks after RNA QC
Sample type	Tissue, Cell, Whole Blood(Paxgene), Plant, Fungi, Bacteria, etc.

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

	Basic Analysis				Optional Analysis
	Lnc RNA	mRNA expression	Isoform expression	INDEL/SNP Analysis	Novel transcript	Gene fusion	Splicing variant	Exon profiling
Total RNA-Seq	O	O	O	O	O	O	O	O
mRNA-Seq		O	O	O	O	O	O	O

ExDEGA Report, GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.

Poly(A)가 존재하는 생물종을 대상으로 RNA를 분리하여 3’ UTR 부분을 짧게 시퀀싱을 수행하고 유전자 발현 분석을 수행해 드립니다. mRNA expression profiling 분석만을 요구할 시 매우 저렴하게 고품질의 데이터를 제공해 드립니다.

Sample requirement	>10ng total RNA
Library method	QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit FWD
NGS run format	NextSeq 500/550, SE 75bp
Data yield	>10M read/sample
Turnaround time	~3 weeks after RNA QC
Sample type	Tissue, Cell, Whole Blood(Paxgene), Plant, Fungi, FFPE, Sorted cell, etc.

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

ExDEGA Report(mRNA expression), GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.

Human, Mouse 샘플을 대상으로 RNA를 분리하여 Ion AmpliSeq RNA 기술을 적용한 NGS을 수행하고 유전자 발현 분석을 수행해 드립니다. 잘 알려진 유전자들의 발현정도를 보다 정확하게 분석해 드립니다.

Sample requirement	>10ng total RNA
Library method	Ion AmpliSeq RNA Library Kit
NGS run format	Ion S5 System
Data yield	>7M read/sample
Number of genes	Human : 20,802 RefSeq genes Mouse : 20,767 RefSeq genes + 3,163 XM and XR genes
Turnaround time	~3 weeks after RNA QC
Sample type	Tissue, Cell, Whole Blood(Paxgene), FFPE, Sorted cell, etc.

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

ExDEGA Report(mRNA expression), GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.

Bacteria RNA-Seq은 total RNA에서 rRNA만을 효율적으로 제거하는 것이 Data quality에 중요한 요소로 작용하고 있습니다. 이바이오젠에서는 박테리아의 rRNA에 single-stranded DNA probes를 binding시켜 효과적으로 hybridized rRNA를 제거한 후, 박테리아 mRNA만을 분리하여 NGS 기술을 통해 전사체(transcriptome) 분석을 수행해 드립니다.

Sample requirement	>2ug total RNA
Library method	rRNA Depletion + NEBNext Ultra Ⅱ Directional RNA kit
NGS run format	HiSeq or NovaSeq, PE100(Paired End 100bp)
Data yield	>~2Gb (Data yield is varied depending on the species)
Turnaround time	~4 weeks after RNA QC
Available species	NCBI DB에 등록되어 genome sequencing이 완료된 prokaryotes에 해당하는 박테리아종 (Species Search)

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

ExDEGA Report(mRNA expression), GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.

세포, 조직, exosome, body fluid 등에 존재하는 microRNA, piRNA와 같은 small size의 RNA의 양을 NGS 시퀀싱을 통해 분석하고 해당 데이터베이스 기반으로 target gene 분석 및 다양한 데이터 분석을 수행합니다.

Sample requirement	>2ug total RNA (Tissue, Cell) >20ng RNA (Exosome, Bodyfluid)
Library method	NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Kit
NGS run format	NextSeq 500/550, SE 75bp
Data yield	>20M read/sample
Turnaround time	~4 weeks after RNA QC
Sample type	Tissue, Cell, Whole Blood(Paxgene), Serum, Plasma, Urine, Exosome, etc.

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

ExDEGA Report(miRNA expression), piRNA profiling, GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.