DNA level에서 유전자 조절 메커니즘 연구의 열쇠
ATAC-seq service
런칭 할인행사!
샘플당 99만원 → 할인가 70만원(부가세별도)
▶ 행사기간 : 2023년 9월 6일 ~ 2023년 11월 30일
▶ 실험분석 서비스 문의 : 02-3141-0791, service@e-biogen.com
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ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)
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유전자 발현 과정에서 일어나는 염색질(chromatin) 구조적 변화에 따른 접근 가능한 영역을 분석
과활성 돌연변이 Tn5 transposase가 DNA부위를 단편화하고 NGS adaptor Tagmentation을 통해 open chromatin영역을 profiling
최근에는 암, 황반 변성, 세포 분화 환경내에서 특정 유전자의 조절 및 염색체 구조 변화 등과 같은 후성유전학 연구에 활용
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** Ebiogen's ATAC-Seq Service **
| ATAC-Seq Service Info. |
Data Analysis with ExPADA |
Sample Requirement : ~1x106 cells in 1ml media(Cell viability >80%)
Library Method : ACTIVE MOTIF® ATAC-Seq kit
NGS run format : NovaSeq 6000, PE 100bp
Data Yield : ~ 6G/ sample
Turnaround time :~5 weeks after cell QC
DATA Analysis : ExPADA report, Peak Annotation, Motif Discovery, IGV, BedGraph 등
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Gene Ontology 분석
Cluster 별 Significant data analysis
Volcano Plot 작성 및 gene marking
Venn Diagram 분석 및 해당 영역 gene filtering
KEGG Mapper – Search&Color Pathway Support
MeV Clustering Heatmap Support
DAVID Functional Annotation Support
Selected genes 발현 패턴 그래프 작성
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ExPADA & Data Analysis
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ExPADA(Excel based Peak Annotation and Differential enrichment Analysis)는 연구자들이 DNA-Seq (ATAC-Seq) 데이터를 보다 쉽고 직관적으로 다룰 수 있도록 만든 엑셀 기반의 분석 도구입니다. Peak Annotations, Motif results, DA Analysis 등을 제공하고 있습니다.
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