Single cell immune profiling 서비스, TCR/BCR 분석까지 한번에
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| Single Cell Immune Profiling Service |
단일 세포의 해상도에서 전사체의 발현과 면역계의 세포 이질성, T 세포와 B 세포의 다양성 뿐만 아니라 항원 특이성을 동시에 확인하여 Immune system의 세포적 맥락을 파악할 수 있으며, UMAP, Feature selection, Violin Plot등의 분석과 더불어 Cell type별 clonotype 판별, TCR과 BCR에 대한 Clonotype frequency, Full-length V(D)J Gene sequences와 구성 유전자, Heavy-Light chain & α-β chain pairing 등 다양한 분석을 지원해 드리고 있습니다.
| Sample Requirement | Cell line : 1X10⁶ cells in media (Cell viability > 90%) Primary cell or FACS sorted cell : 250,000 cells in media (Cell viability > 70%) Tissue⁺ |
| Library Method | 10X Genomics Next GEM/GEM-X technology (5’ GEX kit + TCR/BCR amplification kit) |
| NGS Running Format | Illumina NovaSeq X-Plus, PE150bp |
| Data Yield⁺⁺ | 5’ Gene expression library : ~50,000 reads pairs per cell TCR/BCR V(D)J library : over 5,000 reads pairs per cell |
| Number of Target Cells | ~ 20,000 cells |
| Turnaround Time | ~ 4 weeks after Cell counting & QC |
+ Tissue로 제공시 dissociation 진행을 위한 사전 상담이 필요합니다.
++ data 생산량은 서비스 의뢰시 상담을 통해 조정이 가능합니다.
| Data Analysis for Single Cell Immune Profiling |
이바이오젠에서는 자체 개발한 분석툴 ExSCEA(Excel based Single Cell Expression Analysis)와 WinSeurat(Windows based Seurat)을 제공함으로써 single cell RNA-seq 데이터를 보다 쉽고 직관적으로 다룰 수 있도록 지원하고 있으며, Cell QC repor를 포함한 10X genomics Cell Ranger data와 Loupe browser 를 이용한 Gene expression data, UMAP, -SNE, Feature selection, Clustering heatmap, PCA, Cell type annotation, Cell type별 clonotype 판별, TCR과 BCR의 Clonotype frequency, Full-length V(D)J Gene sequences와 구성 유전자, Heavy-Light chain & α-β chain pairing 등의 다양한 분석을 지원하고 있습니다.
세부정보 >> Software & Data Analysis
