Single Cell RNA-Seq 서비스 의뢰시
Cell QC 무상 진행 이벤트
scRNA-Seq 진행을 위해 가장 중요한 Cell QC를 1회 한정 무상으로 진행해 드립니다.
(주)이바이오젠에게 scRNA-Seq 서비스를 의뢰하면 ExSCEA와 WinSeurat 분석툴을 무상으로 사용할 수 있습니다.
▶ 행사기간 : 2021년 1월 18일 ~ 2021년 4월 30일
▶ 서비스문의 : 02-3141-0791, service@e-biogen.com
** scRNA-Seq 서비스 내용 **
|
Sample Requirement++
|
- Cell line : ~1x106 cells in 14ml media(Cell viability >90%)
- Primary cell or FACS sorted cell : >40,000 cells in media(Cell viability >70%)
|
|
Library Method
|
10X Genomics Next GEM technology
|
|
NGS Run Format
|
Nova-Seq 6000, PE100bp
|
|
Number of Target cell++
|
~3,000 cells
|
|
Data Yield++
|
~50,000 Paired Reads per cell
|
|
Turnaround Time
|
~5 weeks after Cell counting & QC
|
|
Sample type
|
Cell
|
|
++ 초기 세포수, 목표 세포수, 시퀀싱 read수는 서비스 의뢰시 연구자와 상의하여 조정이 가능합니다.
|
** Cell QC Pass condition for scRNA-Seq **
|
Cell size : 10~30um 이내
Concentration : 1x106 cells/ml
Viability : >90% (Cell Line), >70% (Primary cell & FACS sorted cell)
특이사항 : Cell aggregation 및 debris가 없어야 함
|
** ExSCEA & WinSeurat 주요기능 **
ExSCEA
|
WinSeurat
|
- HVG (Highly Variable Genes), Cell Type, Gene Ontology 분석
- Cluster 별 Significant data analysis
- Volcano Plot 작성 및 gene marking
- Venn Diagram 분석 및 해당 영역 gene filtering
- ExDEGA GraphicPlus 연동 및 기능사용
- KEGG Mapper – Search&Color Pathway Support
- MeV Clustering Heatmap Support
- DAVID Functional Annotation Support
-Selected genes 발현 패턴 그래프 작성
|
- Windows OS 환경에서 프로그램 구동
- 단일 샘플 또는 여러 샘플을 통합하여 분석 진행
- Single cell data quality control 및 Cell filtering
- Customized UMAP/TSNE Clustering (PCA, Resolution)
- Cluster에서 유의한 Marker gene identification
- Cludter에 대한 개별 Gene expression level 시각화
- Cluster의 Marker gene과 Cell type assignment
- Cluster 또는 Condition에 따른 비교그룹 분석
- Differential expression 및 Volcano plot visualization
|
|
