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Single Cell RNA-Seq 데이터분석, 무료 워크샵 안내(2020년 3분기)

Admin

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NEWS Detail
Single Cell RNA-Seq 데이터분석
무료 워크샵 실시 안내
대상자 : Single Cell RNA-Seq 고객 및 국내 연구자
참석인원 제한 : (최대 12명, Lab당 2명 이내)
코로나19 대응 사회적 거리두기로 최소인원만 교육
2020년 3분기 워크샵 일정 : 7월 9일(목), 8월 13일(목), 9월 10일(목)

신청방법 및 세부사항

신청방법 신청서 작성후 이메일로 신청
신청서 다운로드(클릭) 		교육시간 오전 9시 30분 또는
오후 2시(약 3시간 30분 소요)
장 소 (주)이바이오젠 본사
본사위치 : 서울시 영등포구(클릭) 		준비사항 노트북(마우스 포함)
ExSCEA, WinSeurat, Loupe 프로그램 설치 및 샘플데이터 다운로드

 

Single Cell RNA-Seq 분석 워크샵 교육내용

교육명
 세부내용
1. scRNA-Seq 개요 scRNA-Seq 소개, 전반적인 이론 및 분석(Cell Ranger, Seurat) 안내
2. ExSCEA 이용 발현분석 Cell Ranger 분석 기반의 ExSCEA, Loupe를 활용한 scRNA-Seq 분석 실습
3. WinSeurat 활용 WinSeurat 분석툴을 활용한 scRNA-Seq 분석 실습
(QC, Normalization, PCR, SCTransform, Integration, Clustering, Marker Identification, DE Analysis)

 

분석워크샵 신청문의 : 02-3141-0791, service@e-biogen.com
ExSCEA, WinSeurat, Loupe 셋업 관련

 

ExSCEA 주요기능
 WinSeurat 주요기능
- HVG (Highly Variable Genes), Cell Type, Gene Ontology 분석
- Cluster 별 Significant data analysis
- Volcano Plot 작성 및 gene marking
- Venn Diagram 분석 및 해당 영역 gene filtering
- ExDEGA GraphicPlus 연동 및 기능사용
- KEGG Mapper – Search&Color Pathway Support
- MeV Clustering Heatmap Support
- DAVID Functional Annotation Support
-Selected genes 발현 패턴 그래프 작성 		- Windows OS 환경에서 프로그램 구동
- 단일 샘플 또는 여러 샘플을 통합하여 분석 진행
- Single cell data quality control 및 Cell filtering
- Customized UMAP/TSNE Clustering (PCA, Resolution)
- Cluster에서 유의한 Marker gene identification
- Cludter에 대한 개별 Gene expression level 시각화
- Cluster의 Marker gene과 Cell type assignment
- Cluster 또는 Condition에 따른 비교그룹 분석
- Differential expression 및 Volcano plot visualization

 

** ExSCEA & WinSeurat 설치파일 및 메뉴얼 **
아래 파일들을 다운받아 설치하시면 ExSCEA와 WinSeurat 분석을 체험하실 수 있습니다.

ExSCEA v.1.0
 WinSeurat v.2.0
  • [Down] ExSCEA v.1.0 Install File
  • [Down] ExSCEA User Manual
  • [Down] ExSCEA Sample Data
    		•
  • [Down] WinSeurat v.2.0 Install File
  • [Down] WinSeurat User Manual
  • [Down] WinSeurat Sample Data
    		•
    Loupe(provided by 10xGenomics)
  • [Down] Loupe Install File
  • [Down] Loupe User Manual
  • [Down] Loupe Sample Data
    		•

     

    데이터분석 및 서비스 문의 : 02-3141-0791, service@e-biogen.com
    ExSCEA Screenshot
    ExSCEA(Excel based Single Cell Expression Analysis)는 연구자들이 Single cell RNA-seq 데이터를 보다 쉽고 직관적으로 다룰 수 있도록 만든 엑셀 기반의 분석툴입니다. Single cell RNA-seq 분석을 ExSCEA로 유의미한 데이터를 간편하게 만드실 수 있습니다.

    WinSeurat Screenshot
    WinSeurat은 Single cell RNA-seq 분석에서 기본적인 조건 이외에 연구자가 원하는 분석 조건을 입력하여 보다 정교한 분석을 진행할 수 있는 프로그램입니다. WinSeurat은 리눅스 환경에 익숙하지 않은 연구자들이 Windows 환경에서 Single cell RNA-seq 분석을 쉽게 수행할 수 있도 Seurat이라는 R 패키지 프로그램을 개조하여 제작되었습니다.

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