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Software & Data Analysis

WinSeurat(Windows based Seurat)

WinSeurat는 Single Cell RNA-seq 분석에서 기본적인 조건 뿐만 아니라 연구자가 원하는 분석 조건을 자유롭게 입력하여 더 정교하고 맞춤형 분석을 수행할 수 있는 프로그램입니다.

이바이오젠이 개발한 WinSeurat는 리눅스 환경에 익숙하지 않은 연구자들도 Windows 환경에서 Single Cell RNA-seq 데이터를 손쉽게 분석할 수 있도록 Seurat 기반의 R 패키지를 개조하여 설계되었습니다. 또한, 연구자의 요구를 지속적으로 반영해 새로운 기능을 꾸준히 업데이트하고 있습니다. WinSeurat를 활용하기 위해서는 이바이오젠에서 제공하는 ExSCEA 데이터(엑셀 파일)이 필요합니다.

Products Info

Software Download

  • WinSeurat를 체험하고자 하는 경우, 아래에서 WinSeurat Trial 프로그램 압축 파일을 다운로드한 후 압축을 해제하고 실행하여 사용하실 수 있습니다.
  • WinSeurat Pro는 아래의 링크를 통해 주문하실 수 있으며, "주문하기"를 클릭하여 신청하시면 1년간 WinSeurat Pro버전을 이용하실 수 있습니다.

 

 

Computer Specification

  • 운영체제: Windows 10 이상 / Mac OS (Parallels Desktop 필요)
  • 하드웨어 권장 사양: Dual-core CPU 이상, RAM 8GB 이상 (16GB 이상 권장)
  • 필수 데이터 파일: ExSCEA Excel 파일 필요

Product Features

  • Windows OS 환경에서 프로그램 구동
  • 단일 샘플 또는 여러 샘플을 통합하여 분석 진행
  • Single cell data quality control 및 Cell filtering
  • Customized UMAP/TSNE Clustering (PCA, Resolution)
  • Cluster에서 유의한 Marker gene identification
  • Cluster에 대한 개별 Gene expression level 시각화
  • Cluster의 Marker gene과 Cell type assignment
  • Cluster 또는 Condition에 따른 비교그룹 분석
  • Differential expression 및 Volcano plot visualization
  • Cell cycle 패턴에 따라 Regress 진행여부 선택
  • Database 기반의 자동 Cell type identification 분석
  • 관심있는 유전자 발현패턴 시각화 (Ridge, Dot plot)

DOWNLOAD

Product VIDEO

WinSeurat User Manual