Genome Sequencing이 완료된 생물종을 대상으로 RNA를 분리하여 NGS 기술을 통해 전사체(transcriptome) 분석을 수행해 드립니다. mRNA expression profiling 분석 이외에도 lncRNA, isoform, INDEL, Alternative Splicing Event, Gene fusion 등 다양한 분석을 지원합니다.

Service Info.
total RNA-Seq mRNA-Seq
Sample requirement >2ug total RNA >2ug total RNA
Library method RiboCop rRNA Depletion
+ NEBNext Ultra Ⅱ Directional RNA kit
Poly(A) RNA Selection
+ NEBNext Ultra Ⅱ Directional RNA kit
NGS run format HiSeq or NovaSeq, PE100 HiSeq or NovaSeq, PE100
Data yield >6Gb/sample >4Gb/sample
Turnaround time ~4 weeks after RNA QC ~4 weeks after RNA QC
Sample type Tissue, Cell, Whole Blood(Paxgene), Plant, Fungi, Bacteria, etc.

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

  • RNA QC
  • Library prep.
  • NGS
  • Data Analysis
  • Report
Data Analysis
Basic Analysis Optional Analysis
Lnc RNA mRNA expression Isoform expression INDEL/SNP Analysis Novel transcript Gene fusion Splicing variant Exon profiling
Total
RNA-Seq
O O O O O O O O
mRNA-Seq O O O O O O O

ExDEGA Report, GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.





Bacteria RNA-Seq은 total RNA에서 rRNA만을 효율적으로 제거하는 것이 Data quality에 중요한 요소로 작용하고 있습니다. 이바이오젠에서는 박테리아의 rRNA에 single-stranded DNA probes를 binding시켜 효과적으로 hybridized rRNA를 제거한 후, 박테리아 mRNA만을 분리하여 NGS 기술을 통해 전사체(transcriptome) 분석을 수행해 드립니다.

Service Info.
Sample requirement >2ug total RNA
Library method rRNA Depletion + NEBNext Ultra Ⅱ Directional RNA kit
NGS run format HiSeq or NovaSeq, PE100(Paired End 100bp)
Data yield >~2Gb (Data yield is varied depending on the species)
Turnaround time ~4 weeks after RNA QC
Available species NCBI DB에 등록되어 genome sequencing이 완료된 prokaryotes에 해당하는 박테리아종 (Species Search)

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

  • RNA QC
  • Library prep.
  • NGS
  • Data Analysis
  • Report
Data Analysis

ExDEGA Report(mRNA expression), GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.





Poly(A)가 존재하는 생물종을 대상으로 RNA를 분리하여 3’ UTR 부분을 짧게 시퀀싱을 수행하고 유전자 발현 분석을 수행해 드립니다. mRNA expression profiling 분석만을 요구할 시 매우 저렴하게 고품질의 데이터를 제공해 드립니다.

Service Info.
Sample requirement >10ng total RNA
Library method QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit FWD
NGS run format NextSeq 500/550, SE 75bp
Data yield >10M read/sample
Turnaround time ~3 weeks after RNA QC
Sample type Tissue, Cell, Whole Blood(Paxgene), Plant, Fungi, FFPE, Sorted cell, etc.

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

  • RNA QC
  • Library prep.
  • NGS
  • Data Analysis
  • Report
Data Analysis

ExDEGA Report(mRNA expression), GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.





Human, Mouse 샘플을 대상으로 RNA를 분리하여 Ion AmpliSeq RNA 기술을 적용한 NGS을 수행하고 유전자 발현 분석을 수행해 드립니다. 잘 알려진 유전자들의 발현정도를 보다 정확하게 분석해 드립니다.

Service Info.
Sample requirement >10ng total RNA
Library method Ion AmpliSeq RNA Library Kit
NGS run format Ion S5 System
Data yield >7M read/sample
Number of genes Human : 20,802 RefSeq genes
Mouse : 20,767 RefSeq genes + 3,163 XM and XR genes
Turnaround time ~3 weeks after RNA QC
Sample type Tissue, Cell, Whole Blood(Paxgene), FFPE, Sorted cell, etc.

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

  • RNA QC
  • Library prep.
  • NGS
  • Data Analysis
  • Report
Data Analysis

ExDEGA Report(mRNA expression), GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.





세포, 조직, exosome, body fluid 등에 존재하는 microRNA, piRNA와 같은 small size의 RNA의 양을 NGS 시퀀싱을 통해 분석하고 해당 데이터베이스 기반으로 target gene 분석 및 다양한 데이터 분석을 수행합니다.

Service Info.
Sample requirement >2ug total RNA (Tissue, Cell)
>20ng RNA (Exosome, Bodyfluid)
Library method NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Kit
NGS run format NextSeq 500/550, SE 75bp
Data yield >20M read/sample
Turnaround time ~4 weeks after RNA QC
Sample type Tissue, Cell, Whole Blood(Paxgene), Serum, Plasma, Urine, Exosome, etc.

++ RNA prep.을 원하실 경우 담당자와 상의하여 진행이 가능합니다.

  • RNA QC
  • Library prep.
  • NGS
  • Data Analysis
  • Report
Data Analysis

ExDEGA Report(miRNA expression), piRNA profiling, GO, Pathway, Clustering, Network, GSEA, Data Mining 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.





조직이나 세포 집단의 전사체 분석의 한계점을 극복하기 위해 단일세포의 전사체를 분석할 수 있는 Single cell RNA-Seq 서비스를 제공함으로써 세포간 유전자 발현의 다양성과 세포 타입별 identity를 확인할 수 있으며 UMAP, Feature selection, Clustering 등 다양한 분석을 지원해 드리고 있습니다.

Service Info.
Sample requirement++ - Cell line : ~1x106 cells in 14ml media(Cell viability >90%)
- Primary cell or FACS sorted cell : >40,000 cells in media(Cell viability >70%)
Library method 10X Genomics Next GEM technology
NGS run format Nova-Seq 6000, PE100bp
Data yield++ ~60,000 reads(30,000 Paired Reads) per cell
Number of Target cell++ ~5,000 cells
Turnaround time ~5 weeks after Cell counting & QC
Sample type Cell, Nuclei

++ 초기 세포수, 목표 세포수, 시퀀싱 read수는 서비스 의뢰시 연구자와 상의하여 조정이 가능합니다.

  • Cell Count & QC
  • Library construction
  • NGS
  • Data Analysis
  • Report
Data Analysis

QC report와 Cell Ranger와 Loupe/Seurat 프로그램을 이용한 Gene expression data, UMAP, tSNE, Feature selection, Clustering heatmap, PCA, Cluster biomarkers, Cell type annotation, Trajectory inference, Cell-Cell interaction 등의 다양한 분석을 지원해 드립니다.