Software & Data Analysis

ExDEGA GraphicPlus는 ExDEGA 분석툴 내에서 직접 제공되지 않는 다양한 그래픽을 쉽게 만들어 주는 ExDEGA 지원 프로그램입니다.
대표적으로 Gene set enrichment graph, Clustering heatmap, PCA plot을 간편하게 만들어 발표자료 및 논문 그림으로 활용이 가능합니다.
ExDEGA report를 받으신 고객은 본 프로그램을 무상으로 다운받아 사용하실 수 있습니다.

• Function 1. DAVID Graphic

: DAVID 분석결과(Enriched GO / Pathways / Biological Functions)를 다양한 차트로 시각화

• Function 2. Clustering Heatmap

: ExDEGA에서 추출한 데이터를 hierarchical clustering하여 heatmap으로 시각화

• Function 3. PCA Plot 2D/3D

: ExDEGA 전체 데이터 또는 일부 데이터를 대상으로 PCA 분석결과를 2D 또는 3D Plot으로 시각화

ExDEGA GraphicPlus를 체험하고자 할 경우, 아래 ExDEGA GraphicPlus 와 mRNA-Seq Sample Data를 다운받으시고 ExDEGA GraphicPlus 압축파일을 풀고 Sample Data 불러와 사용하시면 됩니다.

ExDEGA GraphicPlus	User Manual	Sample Data
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• OS Windows 7 이상
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• ExDEGA Excel file input 필요

ExSCEA(Excel based Single Cell Expression Analysis)는 연구자들이 Single cell RNA-seq 데이터를 보다 쉽고 직관적으로 다룰 수 있도록 만든 엑셀 기반의 분석 도구입니다. Single cell RNA-seq의 분석 결과로부터 ExSCEA를 이용하여 유용한 정보를 얻을 수 있습니다. ExSCEA는 사용자들의 요구사항을 지속적으로 반영하여 엑셀 사용에 익숙하지 않은 연구자들도 쉽게 사용할 수 있도록 지속적으로 업데이트 될 예정입니다.

• HVG (Highly Variable Genes), Cell Type, Gene Ontology 분석
• Cluster 별 Significant data analysis
• Volcano Plot 작성 및 gene marking
• Venn Diagram 분석 및 해당 영역 gene filtering
• ExDEGA GraphicPlus 연동 및 기능사용
• KEGG Mapper – Search&Color Pathway Support
• MeV Clustering Heatmap Support
• DAVID Functional Annotation Support
• Selected genes 발현 패턴 그래프 작성

ExSCEA와 10xGenomics사에서 제곻하는 Loupe를 체험하고자 할 경우, 아래 프로그램 설치파일과 Sample Data를 다운받으시고 프로그램 설치후 Sample Data 불러와 사용하시면 됩니다.

ExSCEA	User Manual	Sample Data
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Loupe	User Manual	Sample Data
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• OS Windows 7 이상
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• MS Office Excel 2007/2010/2013/2016/2019에서 사용가능, MS Office 365 Excel 에서도 사용가능

WinSeurat은 Single cell RNA-seq 분석에서 기본적인 조건 이외에 연구자가 원하는 분석 조건을 입력하여 보다 정교한 분석을 진행할 수 있는 프로그램입니다. WinSeurat은 리눅스 환경에 익숙하지 않은 연구자들이 Windows 환경에서 Single cell RNA-seq 분석을 쉽게 수행할 수 있도 Seurat이라는 R 패키지 프로그램을 개조하여 제작되었고 연구자들의 요구사항을 지속적으로 반영하여 새로운 기능이 업데이트 될 예정입니다. WinSeurat은 이바이오젠에서 제공하는 ExSCEA 데이터 (엑셀 파일)가 요구됩니다.

• Windows OS 환경에서 프로그램 구동
• 단일 샘플 또는 여러 샘플을 통합하여 분석 진행
• Single cell data quality control 및 Cell filtering
• Customized UMAP/TSNE Clustering (PCA, Resolution)
• Cluster에서 유의한 Marker gene identification
• Cludter에 대한 개별 Gene expression level 시각화
• Cluster의 Marker gene과 Cell type assignment
• Cluster 또는 Condition에 따른 비교그룹 분석
• Differential expression 및 Volcano plot visualization

WinSeurat을 체험하고자 할 경우, 아래 WinSeurat Trial 프로그램 압축파일을 다운받고 WinSeurat Trial 압축파일을 풀고 프로그램 실행 후 사용하시면 됩니다.

WinSeurat	User Manual	WinSeurat Trial
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• OS Windows 7 이상
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• ExSCEA Excel file input 필요

SABIA(Solution for Automatic Bio-Image Analysis) 소프트웨어는 현미경으로부터 얻은 다양한 종류의 세포 및 조직 이미지를 신속하고 정확하게 분석하여 연구자의 주관적인 계산오류를 최소화 해주고 분석시간을 대폭 줄여주는 획기적인 소프트웨어입니다. 세포배양시 객곽적인 배양율을 계산해 주고 셀카운트가 필요하거나 이미지 분석을 다양하게 해야 할 경우 SABIA가 쉽게 해결해 드립니다.

• 세포배양율 실시간 자동계산
• 세포수(Cell Count) 계산 및 염색부위수 계산
• 조직섬유화 진행율 자동계산
• 세포/조직 특정영역의 면적 및 길이 계산
• Color Intensity 측정
• Color 차이를 통한 다양한 분석 응용

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구입가격 : 55만원(부가세포함) / 1 year for 1 user

SABIA Software	User Manual	SABIA Order
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• OS Windows 7 이상
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• 그래픽 해상도 1600 x 900 이상