Software & Data Analysis

ExDEGA(Excel based Differentially Expressed Gene Analysis) 분석툴은 연구자들이 엑셀 기반으로 RNA-Seq 또는 Microarray 데이터를 보다 쉽게 직관적으로 다룰 수 있도록 사용자 편의를 최대한 반영한 분석툴입니다.
ExDEGA 분석툴은 사용자들의 요구사항을 지속적으로 반영하여 엑셀사용에 익숙하지 못한 연구자들도 쉽게 사용이 가능하도록 계속 업데이트될 예정입니다. 참고로 ExDEGA 분석툴은 이바이오젠에서 제공하는 RNA-seq 및 Microarray 데이터(엑셀 파일)에서만 사용하실 수 있습니다.

• Gene Category 분석 및 사용자 맞춤형 gene set 분석
• Gene Ontology & Pathway 별로 gene grouping
• Qiagen's PCR-Array gene set grouping
• 샘플 비교그룹 별 significant data analysis
• Significant gene 대상 GO 그래프 및 gene filtering
• 샘플 비교그룹 별 filtered gene 대상 significant chart
• Scatter Plot 작성 및 gene marking
• Volcano Plot 작성 및 gene marking
• Venn Diagram 분석 및 해당 영역 gene filtering
• KEGG Mapper-Search&Color Pathway Support
• MeV Clustering Heatmap Support
• DAVID Functional Annotation Support
• Selected genes 발현 패턴 그래프 작성
• Powerful Gene Search

ExDEGA를 체험하고자 할 경우, 아래 ExDEGA와 mRNA-Seq Sample Data를 다운받으시고 ExDEGA를 우선 설치한 후 엑셀양식인 Sample Data를 여시면 됩니다.
구입가격 : 0원
본 분석툴은 당사에서 제공하는 데이터분석 결과를 제공할 시 무상으로 제공하고 있으며 본인의 데이터를 ExDEGA 양식으로 변환을 원할 경우 service@e-biogen.com 으로 문의해 주시면 담당자가 연락드려 안내해 드립니다.

ExDEGA Software	User Manual	Sample Data		오류해결매뉴얼
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• OS Windows 7 이상 / Mac OS인 경우 "Paralles Desktop" 이용
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• MS Office Excel 2016 이상 버전에서 사용가능, MS Office 365 Excel 에서도 사용가능

ExDEGA GraphicPlus는 ExDEGA 분석툴 내에서 직접 제공되지 않는 다양한 그래프를 쉽게 만들어 주는 ExDEGA 지원 프로그램입니다.
대표적으로 Gene set enrichment graph, Clustering heatmap, PCA plot을 간편하게 만들어 발표자료 및 논문 그림으로 활용이 가능합니다.
ExDEGA report를 받으신 고객은 본 프로그램을 무상으로 다운받아 사용하실 수 있습니다.
* ExDEGA 버전 업데이트(2022.03.10)로 인해, ExDEGA Graphic Plus 프로그램이 ExDEGA 내부에 포함되어 실행됩니다. ExDEGA 4.0.0 이상 버전으로 업데이트 하신 경우, 별도로 프로그램을 다운로드/설치하실 필요 없이 ExDEGA Graphic Plus를 사용하실 수 있습니다.

• Function 1. DAVID Graphic

: DAVID 분석결과(Enriched GO / Pathways / Biological Functions)를 다양한 차트로 시각화

• Function 2. Clustering Heatmap

: ExDEGA 데이터를 바탕으로 유의미한 값을 hierarchical clustering 후, heatmap으로 시각화

• Function 3. PCA Plot 2D/3D

: ExDEGA 전체 데이터 또는 일부 데이터를 대상으로 PCA 분석결과를 2D 또는 3D Plot으로 시각화

ExDEGA GraphicPlus를 체험하고자 할 경우, 상단의 ExDEGA software download 에서 ExDEGA 프로그램을 다운로드받아 최신 버전(4.0.1 이상)으로 업데이트 하시고
ExDEGA report를 열어 우측 하단의 ExDEGA Graphic Plus Start 버튼으로 구동하시면 됩니다.

ExDEGA Graphic Plus Software
Download

ExDEGA GraphicPlus 설치 방법

ExDEGA GraphicPlus를 다운로드 하신 후, 압축을 풀어 나온 ExDEGAGraphicPlus.exe 파일을 아래 그림과 같이
C 드라이브 아래에 복사 + 붙여넣기 합니다.

• OS Windows 7 이상 / Mac OS인 경우 "Paralles Desktop" 이용
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• ExDEGA Excel file 필요

ExSCEA(Excel based Single Cell Expression Analysis)는 연구자들이 Single cell RNA-seq 데이터를 보다 쉽고 직관적으로 다룰 수 있도록 만든 엑셀 기반의 분석 도구입니다. Single cell RNA-seq의 분석 결과로부터 ExSCEA를 이용하여 유용한 정보를 얻을 수 있습니다. ExSCEA는 사용자들의 요구사항을 지속적으로 반영하여 엑셀 사용에 익숙하지 않은 연구자들도 쉽게 사용할 수 있도록 지속적으로 업데이트 될 예정입니다.

• HVG (Highly Variable Genes), Cell Type, Gene Ontology 분석
• Cluster 별 Significant data analysis
• Volcano Plot 작성 및 gene marking
• Venn Diagram 분석 및 해당 영역 gene filtering
• ExDEGA GraphicPlus 연동 및 기능사용
• KEGG Mapper – Search&Color Pathway Support
• MeV Clustering Heatmap Support
• DAVID Functional Annotation Support
• Selected genes 발현 패턴 그래프 작성

ExSCEA와 10xGenomics사에서 제공하는 Loupe를 체험하고자 할 경우, 아래 프로그램 설치파일과 Sample Data를 다운받으시고 프로그램 설치후 Sample Data 불러와 사용하시면 됩니다.

ExSCEA	User Manual	Sample Data
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Loupe	User Manual	Sample Data
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• OS Windows 7 이상 / Mac OS인 경우 "Paralles Desktop" 이용
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• MS Office Excel 2010 이상 버전에서 사용가능, MS Office 365 Excel 에서도 사용가능

WinSeurat은 Single cell RNA-seq 분석에서 기본적인 조건 이외에 연구자가 원하는 분석 조건을 입력하여 보다 정교한 분석을 진행할 수 있는 프로그램입니다. WinSeurat은 리눅스 환경에 익숙하지 않은 연구자들이 Windows 환경에서 Single cell RNA-seq 분석을 쉽게 수행할 수 있도 Seurat이라는 R 패키지 프로그램을 개조하여 제작되었고 연구자들의 요구사항을 지속적으로 반영하여 새로운 기능이 업데이트 될 예정입니다. WinSeurat은 이바이오젠에서 제공하는 ExSCEA 데이터 (엑셀 파일)가 요구됩니다.

• Windows OS 환경에서 프로그램 구동
• 단일 샘플 또는 여러 샘플을 통합하여 분석 진행
• Single cell data quality control 및 Cell filtering
• Customized UMAP/TSNE Clustering (PCA, Resolution)
• Cluster에서 유의한 Marker gene identification
• Cluster에 대한 개별 Gene expression level 시각화
• Cluster의 Marker gene과 Cell type assignment
• Cluster 또는 Condition에 따른 비교그룹 분석
• Differential expression 및 Volcano plot visualization
• Cell cycle 패턴에 따라 Regress 진행여부 선택
• Database 기반의 자동 Cell type identification 분석
• 관심있는 유전자 발현패턴 시각화 (Ridge, Dot plot)

WinSeurat을 체험하고자 할 경우, 아래 WinSeurat Trial 프로그램 압축파일을 다운받고 WinSeurat Trial 압축파일을 풀고 프로그램 실행 후 사용하시면 됩니다.

WinSeurat	User Manual	WinSeurat Trial
Download	Download	Download

WinSeurat Pro는 아래링크를 통해 다운받고 "주문하기"를 클릭하여 주문하시면 1년간 본 제품을 사용할 수 있습니다.

WinSeurat Pro	WinSeurat Pro Order
Download	주문하기

• OS Windows 10 이상 / Mac OS인 경우 "Paralles Desktop" 이용
• CPU Dual-core 이상, RAM 8GB 이상(16GB 이상 권장)
• ExSCEA Excel file 필요

ExPADA(Excel based Peak Annotation and Differential enrichment Analysis)는 연구자들이 DNA-Seq (ChIP-Seq, MBD-Seq) 데이터를 보다 쉽고 직관적으로 다룰 수 있도록 만든 엑셀 기반의 분석 도구입니다. DNA-Seq (ChIP-Seq, MBD-Seq)의 분석 결과로부터 ExPADA를 이용하여 유용한 정보를 얻을 수 있습니다. ExPADA는 사용자들의 요구사항을 지속적으로 반영하여 엑셀 사용에 익숙하지 않은 연구자들도 쉽게 사용할 수 있도록 지속적으로 업데이트 될 예정입니다.

• Gene Ontology 분석
• Cluster 별 Significant data analysis
• Volcano Plot 작성 및 gene marking
• Venn Diagram 분석 및 해당 영역 gene filtering
• KEGG Mapper – Search&Color Pathway Support
• MeV Clustering Heatmap Support
• DAVID Functional Annotation Support
• Selected genes 발현 패턴 그래프 작성

ExPADA를 체험하실 경우, 아래의 설치파일과 Sample Data를 다운받으신 후 Sample Data를 불러와 사용하시면 됩니다.

ExPADA	User Manual	Sample Data
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• OS Windows 7 이상 / Mac OS인 경우 "Paralles Desktop" 이용
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• MS Office Excel 2010 이상 버전에서 사용가능, MS Office 365 Excel 에서도 사용가능

ExMEGA(Excel based MEtaGenome Analysis)는 연구자들이 엑셀기반으로 Metagenome 데이터를 보다 쉽고 직관적으로 다룰 수 있도록 사용자 편의를 최대한 반영한 분석툴 입니다. 대표적으로 Assembly result, Taxonomy(Bar Plot), Diversity, Sample clustering, Krona chart 등을 간편하게 만들어 발표자료 및 논문그림으로 활용 가능하고 사용자들의 요구사항을 지속적으로 반영하여 보다 쉽게 사용 가능하도록 계속 업데이트 될 예정입니다. 참고로 ExMEGA 분석툴은 이바이오젠에서 제공하는 Metagenome 데이터(엑셀파일)에서만 사용 하실 수 있습니다.

• Taxonomy filtering
• Significant taxon data analysis
• Volcano plot & gene marking
• Venn diagram 분석 및 해당 영역 gene filtering
• Taxonomy pie chart and bar plot
• Beta diversity(PCoA)를 통한 샘플 간 다양성 분석
• Hierarchical Clustering heatmap

ExMEGA를 체험하실 경우, 아래의 설치파일과 Sample Data를 다운받으신 후 Sample Data를 불러와 사용하시면 됩니다.

ExMEGA	User Manual	Sample Data
Download	Download	Download

• OS Windows 7 이상 / Mac OS인 경우 "Paralles Desktop" 이용
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• MS Office Excel 2010 이상 버전에서 사용가능, MS Office 365 Excel 에서도 사용가능

SABIA(Solution for Automatic Bio-Image Analysis) 소프트웨어는 현미경으로부터 얻은 다양한 종류의 세포 및 조직 이미지를 신속하고 정확하게 분석하여 연구자의 주관적인 계산오류를 최소화 해주고 분석시간을 대폭 줄여주는 획기적인 소프트웨어입니다. 세포배양시 객곽적인 배양율을 계산해 주고 셀카운트가 필요하거나 이미지 분석을 다양하게 해야 할 경우 SABIA가 쉽게 해결해 드립니다.

• 세포배양율 실시간 자동계산
• 세포수(Cell Count) 계산 및 염색부위수 계산
• 조직섬유화 진행율 자동계산
• 세포/조직 특정영역의 면적 및 길이 계산
• Color Intensity 측정
• Color 차이를 통한 다양한 분석 응용

SABIA 소프트웨어는 아래링크를 통해 다운받아 15일간 무료로 사용할 수 있고 "주문하기"를 클릭하여 주문하시면 1년간 본 제품을 사용할 수 있습니다.
구입가격 : 55만원(부가세포함) / 1 year for 1 user

SABIA Software	User Manual	SABIA Order
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• OS Windows 7 이상
• CPU Dual-core 이상, RAM 4G 이상(8G 이상 권장)
• 그래픽 해상도 1600 x 900 이상